V druhém pavilonu byla nová stálá expozice Velkomoravské Mikulčice - Druhý kostel a sakrální architektura knížecího hradu otevřena v roce 2008 a její architektonické řešení spočívá ve vytvoření ztemnělého scénického prostoru zdůrazňujícího jednotlivé exponáty za použití světelné, zvukové a projekční techniky. Vytvořený návštěvnický audiovizuální program vede návštěvníky k znovuobjevení historického kontextu. k pochopení významu a genia loci místa a k posílení emocionálního působení jednotlivých výstavních prvků. Autorem moderního scénografického a výstavního řešení je Ing. arch. Jan Konečný, odbornou stránku expozice připravil PhDr. Lumír Poláček, CSc.
Expozice je vystavěna na neobvyklé instalaci vzácných sbírkových předmětů, replik jednotlivých velkomoravských kamenných staveb (kostelů a paláce) a prezentuje především dvorskou velkomoravskou kulturu; honosné šperky (gombíky, náušnice, prsteny), nákončí, velmožské ostruhy i kopie rukopisných textů velkomoravského původu psaných hlaholicí, prezentované ukázkami z Kyjevských listů, Kodexu Assemanova a Sinajského žaltáře a euchologia (9. - 11. století).