Původní Návštěvnické centrum - Pavilon I bylo v období říjen 2013 až březen 2015 celkově stavebně rekonstruováno. Výsledkem je nová moderní muzejní budova s 30 metrů vysokou vyhlídkovou věží, která byla slavnostně - po zkušebním provozu od 14. dubna - otevřena dne 1. května 2015. Nová budova zatím postrádá plánovanou novou archeologickou expozici, pro kterou jsou však uvnitř připraveny prostory.
Těžištěm expozice před rekonstrukcí Velkomoravské Mikulčice - Knížecí hrad v údolní nivě řeky Moravy bylo představení většiny typů sbírkových předmětů ze zdejších vykopávek: faksimilií šperků jako vrcholu zdejší řemeslnické dovednosti, zbraní – mečů, hrotů kopí a šípů, bojových seker nebo předmětů vztahujících se k duchovnímu životu Slovanů, ale i předmětů denní potřeby – keramiky, kovářských výrobků, kostěné industrie, udic, hrotů harpun, unikátních dřevěných kuchyňských předmětů, dřevěných okovaných vědérek, žernovů ad. Zajímavé byly také již zmíněné předměty církevního charakteru, různé křížky, kování ve formě knihy, silně pozlacené ostruhy s ploténkami a maskarony (lidskými tvářemi) z hrobů s bohatou výbavou, velké množství železných ostruh s háčky apod. Cenná byla také pozlacená nákončí – kovová a litá zakončení opasků, která byla představena oboustranně, neboť na nich vidíme první známá figurální zobrazení lidských postav v dějinách Slovanů na našem území.
Důležitý datovací význam měl vystavený zlatý solidus, mince byzantského císaře Michala III. (842 - 867) z hrobu čís. 480 u trojlodní baziliky, který byl užíván a platný v roce příchodu věrozvěstů sv. Konstantina - Cyrila a sv. Metoděje. Dokladem užívání písma byly železné styly – pisátka, jimiž se psalo (rylo) do voskem potažených dřevěných tabulek. Styly byly nalezeny v nartexu (předsíni) trojlodní baziliky. V expozici pak následují doklady o čtyřiadvaceti tehdejších místních řemeslech. Nejrozměrnějšími exponáty byly dva čluny – monoxyly (9 a 10 metrů dlouhé), vytesané každý z jednoho kmene dubu. Čluny byly objeveny v hloubce 3 m u pozůstatků mostních pilířů v zaneseném korytu původního řečiště řeky Moravy.